『ゼルダの伝説 時のオカリナ』、『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』などもリリースされ人気作品が生まれた。しかしメディアがロムだったことからスーパーファミコンまでのパートナーであったスクウェア（現、スクウェア・エニックス）がSCEのハード『プレイステーション』に移籍し、『ニンテンドウ64』用としてデモプレイを見せていたファイナルファンタジーも結局、『プレイステーション』で『ファイナルファンタジー7』としてリリースされた。

『ニンテンドウ64』は発表時は「プロジェクトリアリティ」というコードネームで発表され、その後『ウルトラ64』という名前が付けられ、その名前で決定かと思われた。『ニンテンドウ64』用にも開発されていたミッドウェイ社のアーケードゲーム『クルージンUSA』はタイトルに「Ultra64」というロゴが出ており、ギリギリまで『ウルトラ64』だったことがうかがえる。

しかし海外では“ゲーム機＝ニンテンドー”という認識が強いため、ニンテンドーという単語を入れる案が浮上。実際に海外のファミコンも『NES（Nintendo Entertainment System）』と呼ばれている。そんなことからこの案を元に糸井重里氏にネーミングの依頼をしたところ、『ニンテンドウ64』という名前に決定。「ニンテンドー」ではなく「ニンテンドウ」という呼称になった理由は「ニンテンドー64」だと音引きやマイナスと捉えられ、「マイナス64」のように見られるため「ニンテンドウ」とした。

その後会員限定の64DDなどもリリースされたが、こちらは不発に終わった。64DD所有者にはディスクが定期的に送られてくるという物で結構お得感があったが、一般流通していないためソフトが少ないのがネックとなった。

任天堂は当時のハードの中では群を抜いて性能が良いハードであったが、ロムを採用したためにスクウェアというパートナーを逃してしまった。

任天堂は来年に『NX（コードネーム）』のリリースを予定しているが、そちらもどのようなハードになるのか気になるところだ。噂ではモバイルと上起きの2種類がリリースされるとか。