これには1つの疑惑が浮上している。過去の調査は都庁のOBが在籍しており基準値以下に抑えるように数字を改ざんしていた可能性があるという。しかし小池百合子都知事就任後の8回目、9回目は基準値を大幅に超え特に9回目のモニタリングでは79倍のベンゼンを検出したほか、検出されないことが環境基準となるシアンが検出されたことも判明。
モニタリングは昨年11月から12月に201箇所の地下水を採取して行われ14日の会議で調査結果が発表された。

15日に放送された『Mr.サンデー』でもこのことを特集しており、「地下水モニタリングの1回目から8回目まで調査していた会社の中には東京都のOBが何人か行っている会社もあるということで、元都の環境局にいた人だとか何人も行っているというふうに聞いているのでやはりこれは何か数字が環境基準内に収まるように操作していたのではと疑われてもしかたないような感じに見られると懸念している人もいる」こう語ったのはジャーナリストの池上正樹氏。1回目から8回目までは調査結果を基準値に下げているという疑惑まで浮上した豊洲の地下水問題。しかしここにきて基準値の79倍のベンゼンが検出されてしまった。

OBによる数字操作のほかにもう1つ原因が考えられ、9回目の調査の前に稼働させたポンプが原因では無いかとも言われている。

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